Alasan mengapa antibiotik harus dihabiskan adalah untuk membasmi secara tuntas bakteri penyebab penyakit. Kadang-kadang bakteri masih ada tersisa, tetapi gejala yang dialami penderita sudah hilang. Jadi seolah-olah sudah sembuh sempurna. Alasan lain mengapa antibiotik harus dihabiskan adalah untuk mencegah timbulnya kekebalan (resistensi) dari bakteri.