Namun berbeda dengan wanita tak hamil, tidak semua antibiotik dapat digunakan untuk wanita hamil. Hanya sebagian kecil saja yang dianggap aman. Sedangkan sebagian yang lain dapat membahayakan ibu maupun janin.
Walaupun beberapa antibiotik aman diberikan bagi wanita hamil, tetap saja pemberian tersebut harus mempertimbangkan manfaat dan risikonya. Manfaat yang diperoleh baik bagi ibu maupun janin harus lebih besar dari risikonya. Selain itu, pemberian juga harus atas indikasi yang jelas.
Antibiotik yang dianggap aman antara lain adalah amoksisilin, ampisilin, klindamisin, eritromisin, penisilin, dan sefalosporin.
Sedangkan antibiotik yang harus dihindari penggunaannya pada wanita hamil antara lain golongan tetrasiklin, golongan sulfa, metronidazole, dll. Tetrasiklin dapat merusak hati (lever) ibu, mengubah warna gigi bayi, dan menyebabkan cacat janin. Antibiotik golongan sulfa, mis sulfonamid, kotrimoksazol, dan metronidazole juga dapat menyebabkan janin lahir cacat.
